La lucha armada para la consecución de la independencia de la Nueva España , se inició el 16 de septiembre de 1810, y por eso Morelos quiso que este día se declarara como de fiesta nacional. Siempre le tuvo culto y veneración al cura Miguel Hidalgo y Costilla y desde que se separó de él, después de la única entrevista que los juntó, luchó por la misma causa; con la ventaja de que el encargado de la conquista del sur y de la toma de Acapulco, no sólo iba a ser su seguidor, sino el intérprete de su probable ideario. Independientemente de la aportación de sus propias ideas libertarias. 

La independencia de los países hispanoamericanos respecto de la metrópolis fue un fenómeno complejo dado en la historia universal y caracterizado por una serie de acontecimientos que si bien tienen antecedentes relacionados o afines, todos se unifican en el colapso peninsular motivado por la invasión napoleónica sobre España. Entonces nació el ambiente favorable para poner en práctica las teorías exóticas, que ya no se consideraban perturbadoras de la evolución y de la normalidad del mundo español cristiano. Por eso los americanos que sabían pensar, se pudieron levantar por la independencia de la colonia, tomando como base sus derechos de 'vasallos'. También con este fundamento, se habían unido los peninsulares, para salvar el Reino contra elilegítimo rey José Bonaparte. Sin embargo, esta oportunidad sólo la vieron unas cuantas personas, y en verdad la masa del pueblo no conocía lo que pasaba. La actitud libertaria adoptada por los precursores de nuestra independencia, jamás se significó como algo que iba contra el orden intocable de Dios y menos contra del rey, que estaba prisionero. Al contrario, tenía sentido cualquier movimiento que se intentara contra Bonaparte, pues lejos de ser antipatriótico, representaba finalidades redentoras para la humillada monarquía de España, que venía viviendo precipitadamente su decadencia colonial, especialmente desde la época de Carlos III. Éste, por el Pacto de Familia, imprudentemente había sancionado en el tratado de París, la independencia de los Estados Unidos de Norteamérica. El rey no atendió las advertencias de su ministro conde de Aranda. Desde entonces quedaron legitimadas las armas como medio apropiado para este tipo de luchas, y la actitud española dio a Inglaterra razones suficientes para soliviantar las independencias de los países hispanoamericanos, ya muy resentidos desde la expulsión de los jesuitas, maestros muy respetados. 

El primer tributo de sangre de gran valor cobrado por el movimiento de independencia, correspondió a las cabezas colgadas en las cuatro esquinas del edificio de la Alhóndiga de Granaditas;se pusieron para ejemplo y escarmiento al pueblo novohispano. Empero, en vez de amedrentarse la insurgencia, empeñó más su fuerza y espíritu para conseguir la finalidad única. Por eso Morelos, al principio, con menos fuerza material y menor prestigio que Rayón, que había sido el heredero directo de Hidalgo y Allende, también pugnaba por buscar la felicidad de los mexicanos. 

El más precioso momento de la vida de Rayón había sido el de encauzar el movimiento libertario hacia el orden, demostrativo por sí, de que la lucha tenía entre sus principales fines hallar la libertad política para un pueblo oprimido y en desventaja respecto a España. Si bien era cierto que los americanos habían tenido representación en las Cortes españolas reunidas a raíz de la intervención francesa en la península, aquella representación en realidad fue parcial pues no comprendió a todos los habitantes de América. Y la actitud de Rayón lo distinguió como el primero de los insurgentes formalmente interesado en concretar un programa a realizar, para darle validez jurídica a la revolución. Por eso organizó la Junta que tuvo más fuerza nominal que real, y a tal grado fue esto cierto, que el propio Morelos se ajustó a ella. También lo hizo con el objeto de mostrar que la insurgencia representaba un frente compacto ante el enemigo. Sin embargo, cuandoMorelos notó que no había armonía entre sus representantes, que inclusive llegaron a insultarse, y cuando le pareció que los principios políticos que sostenía la junta eran muy conservadores, decidió abandonarla. 

Con un gran impulso y por su formación jurídica, el licenciado Rayón redactó sus Elementos constitucionales en los que habló de independencia 'demasiado justa'; señaló el despotismo como razón para buscarla; argumentó la nulidad de las 'órdenes' acordadas para Nueva España en las Juntas de la Península ; procuró prestigiar a la insurgencia y orientar el criterio para demostrar que aquello no iba a la anarquía, sino a 'fijar nuestra felicidad'; e inteligentemente dejó la posibilidad de modificar la Constitución de acuerdo con las circunstancias. Rayón también dejó a la religión católica en forma intolerante y así, de este modo, sostuvo al Tribunal de la Inquisición. 

Ignacio Rayón, además de sostener la libertad e independencia de América y que la soberanía dimanaba del pueblo y residía en Fernando VII, señaló a cinco vocales con sus atribuciones para el Supremo Congreso. Creó los despachos de Gracia y Justicia, Guerra y Hacienda, así como el cargo de protector nacional; afirmó los tres poderes clásicos: ejecutivo, legislativo y judicial; proscribió la esclavitud; hizo apreciaciones sobre los derechos naturales paralos nacionales y extranjeros, y algunas otras consideraciones de tipo comercial, militar, etcétera. Se amparó bajo el 'Dios de los Destinos, que se ha dignado mirar por compasión de su pueblo'; y por cierto, designó a Morelos como cuarto vocal; también dejó a Morelos que sugiriera el nombramiento del quinto vocal. 

Los Elementos constitucionales incluyeron: el resentimiento criollo que los llevó a la independencia; la idea del orden dentro del aspecto no pacífico y de lenta evolución para conseguirla; la condescendencia con el medio religioso de su tiempo; una innovación de influencia prohibida en cuanto al origen de la soberanía; un toque de precaución y al mismo tiempo tradicionalista al usar la bandera del rey, mostrando a veces una sincera desconfianza al poder concentrado en una persona, razón por la que llevó a cabo la creación de los vocales de la Junta. Estos Elementos constitucionales dieron al movimiento libertario un sentido de administración, con la creación de los despachos previstos de acuerdo con las necesidades políticas más inmediatas. En cuanto a la idea de un protector nacional que debió captar Morelos para no caer en las garras del congresismo, que en buena parte lo aniquiló, hubo un asomo al mundo prohibido de la Ilustración y especialmente a Rousseau y Montesquieu. 

Los Elementos constitucionales enparte dejaron satisfecho al cura Morelos. Por eso mostró una parcial conformidad ante el cuadro legalista de Zitácuaro; sin embargo, él estuvo decidido a romper y rompió los lazos de dependencia política respecto a España. Desde su propio ángulo patriótico, Morelos introdujo el orden dentro de la insurgencia que pretendía la unión y tendía a organizarse. Esto ocurrió cuando vio el peligro por las rivalidades parlamentarias. Para lograr su propósito, se apoyó en su talento y fuerza militar, con tal éxito, que llegó al grado de convencer al propio licenciado Rayón para que trabajara y aportara luces en el Congreso de Chilpancingo. El 25 de octubre de 1813 le había dicho: 'la falta de su persona en el Congreso, embaraza resoluciones de trascendencia'. Fue entonces cuando empezó a ser temible el movimiento insurgente, que estuvo precedido de la representación americana ante las Cortes españolas, que en forma pacífica buscaba el mismo fin. Sin embargo, por razones de método así como por la desventaja y debilidad de su posición representativa, que sólo amparaba al grupo privilegiado de la colonia y no de todos los pobladores de la Nueva España , fue ineficaz, y no tuvo los elementos necesarios para conseguir la independencia. Inclusive la Constitución de Cádiz, que dejaron como herencia, sólo sirvió para alargar más la lucha armada.