ADVANCES IN UNDERSTANDING CANCER GENOMES THROUGH SECOND-GENERATION SEQUENCING

Uno de los mecanismos para entender mejor el cáncer es la revolución de las tecnologías de genómica y secuenciación. Usando la secuenciación de segunda generación, es más fácil secuenciar transcriptomas y los exones y tener genomas completos de los diferentes tipos de cáncer. En este artículo se enfoca en los estudios de las alteraciones somáticas del genoma. En las décadas pasadas, hubo un gran avance en las tecnologías de los microarreglos de ADN y ARN, también en la secuenciación de ADN basada en la capilaridad. Esto ayudo a descubrir varias mutaciones exonicas y variaciones que ayudaron a descubrir varias alteraciones en el genoma del cáncer.

Consideraciones Específicas del Cáncer.

El genoma que tiene consideraciones especiales en la secuenciación de segunda generación es el caso del cáncer ylas muestras de cáncer, además estas son distintas a otras muestras y genomas de tejidos heredados. Los genomas del cáncer son muy grandes, complejos y con una gran diversidad. Varían en su secuencia y estructura comparado con los demás genomas, específicamente en su frecuencia de mutaciones, en el número de ploidias y en la estructura del genoma. El análisis de las mutaciones debe ser regulado según la ploidia y la pureza de cada muestra y el número de copias de cada región.

Enfoques Experimentales.

La aplicación de la secuenciación de segunda generación a ayudado a comprender mejor la secuenciación y los análisis de la mayoría de genomas. Esta se puede aplicar en los estudios del cáncer en varias formas. Esto varia según la molecula y el tipo de variación que estudiemos. La secuenciación de segunda generación también es digital, hay como contar los alelos de cualquier nuclotido en cualquier posición en el genoma, esto le da la capacidad de realizar un over-sampling del genoma. El over-sampling, lo que hace es leerla misma secuencia de ADN varias veces para tener algo parecido a una secuencia de confianza.

La Secuenciación de Todo el Genoma.

Trata de completar la secuenciación del genoma del tejido con cáncer, usando secuencias de ADN de la línea germinal, esto ayuda para descubrir la mayoría de las alteraciones genómicas. Además esto provee una caracterización comprensiva del genoma del cáncer. El mayor beneficio de la secuenciación de todo el genoma es descubrir los arreglos de los cromosomas.

Secuenciación del Exoma.

Elanálisis de grupos seleccionados de exones, usando la secuenciación por capilaridad es una herramienta productiva y efectiva en la secuenciación del ADN para codificar los genes de gran interés.

Secuenciación del Transcriptoma.

La secuenciación de segunda generación del transcriptoma es una herramienta importante para entender el cáncer, también para detectar fusiones intragenicas, incluyendo las fusiones que promueven la activación de los oncogenes. Esta también puede ser usada para detectar mutaciones somaticas.
Mientras tanto, en México  dos poderosos estados indígenas, el imperio azteca y el imperio tarasco, construían toda una cultura de la que numerosos restos arqueológicos y objetos de arte realizados por los diferentes pueblos que habitaban la zona en ese momento, dan prueba a que el Imperio Azteca recrea este periodo, organizando el montaje en diez temas que atraviesan su historia desde el desarrollo hacia el cenit, hasta su posterior declive. (Echegoyen Olleta). Comparado con el desarrollo en Europa, México estaba muy atrasado en los movimientos renacentistas, pero tenían un buen avance científico ya que poseían conocimientos que en ninguna otra cultura había alcanzado; como lo es el uso del drenaje bien estructurado.
El renacimiento significó un reencuentro con la cultura clasica antigua; pero esta vez no fue con la lógica forma o especulación abstracta y no empírica que se haya realizado. Para la revolución intelectual o científica se dieron las ciencias y las matematicas del siglo XVII ahí fue necesario el uso y desarrollo de ciertas ciencias empíricas y algunas técnicas nuevas. El sello de la revolución científica esta impresa en la investigación actual: quien acuñó el concepto fue el ruso Alexandre Koyré, quien la empleó por primera vez en 1939. Los caracteres generales dela filosofía del siglo XVII: este periodo señala la madurez de la conciencia filosófica moderna y abarca su etapa mas productiva. Se desarrolla un pensamiento cuyos caracteres difieren notablemente del renacentista anterior.
El origen del término corresponde al pastor protestante, teólogo, filósofo y educador aleman Fritz Jahr, quien en 1927 usó el término Bio-Ethik en un artículo sobre la relación ética del ser humano con las plantas y los animales. Mas adelante, en 1970, el oncólogo norteamericano Van Rensselaer Potter utilizó el término bio-ethics en un artículo sobre 'la ciencia de la supervivencia'.
Impacto de la revolución tecnológica en el pensamiento científico.
Para que la terapia genética y la eugenesia pudieran ser experimentadas o descubiertas, hubo primero un proceso de cambio en el pensamiento humano de los siglos XII y XIII a los siglos XIX y XX donde comenzó a desarrollarse plenamente las investigaciones. Durante ese tiempo, existieron dos grandes movimientos intelectuales que tuvieron gran influencia en los avances tecnológicos y en el pensamiento de las personas. Uno de ellos, fue el Humanismo, movimiento iniciado en el siglo XIV en Italia, y ligado estrechamente con el Renacimiento. Con el humanismo vino el primer cambio drastico de la forma de pensar y el centro de atención dejó de ser Dios y la Iglesia, el hombre pasó a ser el centro de todo; las ciencias ya podían practicarse, por lo tanto los científicos ya no eran castigados, se comenzó el desarrollo de tecnologías como el microscopio, inventado entre 1590 y 1600 porel óptico holandés Zacharías Janssen. Los humanistas mas destacados son: Dante Alighieri y Giovanni Boccaccio. El segundo movimiento influyente en la genética, es la Ilustración que se dio en el siglo XVII, donde la razón era la luz que combatiría la oscuridad de la ignorancia. Los pensadores ilustrados defendían el poder de la ciencia como vínculo idóneo para descubrir las leyes que gobiernan el universo y por ende, las bases del progreso de la humanidad. Durante este periodo, se desarrollaron diversos inventos como el telescopio por Kepler, en 1611 (Commons., Otros inventos).
Gracias a esos movimientos, y al cambio del pensamiento humano que estos produjeron, el hombre adquirió derechos naturales Rearreglos de cromosomas.

Entre los rearreglos que se pueden detectar con la secuenciación de segunda generación están: rearreglos intracromosomicos, inversiones incluyentes, duplicaciones y deleciones en tándem, inserciones de secuencias no-endogenas, secuencias virales, rearreglos de cromosomas recíprocos y no recíprocos y algunos más complejos incluyendo algunas combinaciones entre los anteriores.

El Futuro de la Genómica del Cáncer.

La secuenciación de segunda generación, seguirá siendo uno de los métodos más utilizados en la genómica del cáncer, para estudiar las alteraciones que ocurren en el genoma del cáncer, usando el análisis computacional como parte central de esto. Se tienen que aprovechar las herramientas computacionales, biológicas y clínicas. Las computacionales en lo estadístico, los análisis biológicos para encontrar vías para llegar a los genes mutados del cáncer y los análisis clínicos para encontrar relaciones entre las alteraciones del genoma con la epidemiologia, histología y terapia delcáncer.

COMENTARIO:

En este artículo científico que acabe de leer es muy agradable, ya usando varias técnicas de biología molecular se puede obtener cada día un mejoramiento en la secuencia (cáncer) para poder así controlarla o más bien eliminar ya que el cáncer es una enfermedad muy grave que afecta a muchas personas y además se puede también se podría utilizar para otras enfermedades que son mortales.