Hubo un terremoto el 28 de noviembre de 1778 que destruyó parte del convento, que sufrió daños en la torre y en los claustros. La restauración fue sustentada por la fortuna de los padres Alban, después de su muerte ya que este demandaba un capital económico elevado. Esta ubicada entre las calles Cuenca, mejía, Imbabura y Chile.

Al principio se demolió lo que estaba resquebrajado, la torres, cuyos muros miden tres metros de ancho y estan hechos de cal y ladrillo, lo cual dio mayor resistencia a la estructura. Esta torre se parece a una mezquita musulmana, y su penúltimo cuerpo tiene 7 campanas que representan la escala musical.

La campana del centro, llamada ¨Nuestra Madre¨ por el Obispo de Quito, tiene un peso de 20 libras y esta fundida en oro, plata, bronce zinc. Mide 2 metros y 7 centímetros, y su badajo pesa 200 libras. Fue construida en 1789 e inaugurada el 23 de septiembre del mismo año. Una de las obras de arte de mayor atractivo en el convento, es la fuente de piedra con un dios Neptuno tallado en el centro.

Existen objetos peculiares, como un reloj de sol de siglo XVII ubicado en unapequeña cúpula, que servía a los religiosos para determinar sus horas canónicas. Los mercedarios poseen una bien dotada biblioteca con libros que datan del siglo XVI, la cual contribuye a engrandecer aun mas la historia y la cultura del convento.

En la Merced, el arte se ve plasmado en los cuadros de tela al óleo, donde resaltan temas religiosos.




El claustro principal de la iglesia de La Merced es uno de los mas atractivo en Quito, con pilares de piedra y deslumbrando por pasadizos blancos, así como un patio ancho de piedra que tiene una fuente tallada de piedra en el centro, con una figura de Neptuno. Hay varios rincones pintados en los pasillos del claustro. En el claustro superior hay una serie de pinturas que representan la vida de Sto. Francis Xavier, que fue pintado por el gran maestro jesuita, el Hermano Hernando de la Cruz.

En el claustro, uno puede entrar la biblioteca, que es uno de los lugares mas hermoso en el convento, con sus dos pisos y sus paredes cubiertos con libros antiguos de pergamino y con sus espinas dorsales cubierto en oro. El Museo se encuentra en el segundo claustro.