Los españoles tuvieron sistemas administrativos eficaces durante la colonia. Imitaron la organización de España, lo que generó graves complicaciones, ya que las costumbres de los pueblos y culturas americanos en muchos aspectos eran antagónicas con las peninsulares.

En el caso de la Nueva España, donde el territorio llego a ser inmenso, se delego el poder en un virrey, como en muchas otras partes de la América conquistada por los españoles. En 1524 se creó el Consejo Real de Indias, tribunal y maxima autoridad administrativa de las colonias, con sede en España. También se estableció el sistema de encomiendas, cuyo fin era catequizar y cristianizar a las grandes poblaciones, apoyandose para tal efecto en frailes.
Sin embargo, los encomenderos vieron la conquista como una empresa, ya que muchos de ellos se endeudaron en Europa y obtuvieron patrocinio de terceros; por tanto, tuvieron que firmar convenios por regalías y derechos . La misma corona les reconocía el real quinto (5%) de todo lo que conquistaran. Los encomenderos, con el fin de sacar a flote sus compromisos, sujetaron su labor a operaciones mercantiles como el traspaso, las permutas, los endosos e incluso a dejar en herencia los “derechos” adquiridos sobre indígenas como si fueran objetos. El sistema de encomienda diezmó las poblaciones.

El Papa Alejandro VI emitió la bula que llevaba que lleva su nombre, la cual obligaba a los encomenderos y a cualquier otro que adquiría derechos sobre los indios y las tierras, a pagar el diezmo (el 10%) de todossus productos, que debían aplicarse a la construcción de templos. Esto, junto con la idea religiosa europea de que el cielo se ganaba por las obras que se realizaran en el provecho de la iglesia, ocasionó que en todo el territorio conquistado se edificaran impresionantes templos.
Estructura administrativa de la colonial. El primer virrey de la nueva España fue Antonio de Mendoza. El territorio se dividió para fines administrativos en corregimientos a cargo de un corregidor. A su vez, los corregimientos se subdividían en mayorazgos, a cargo de un mayor, los mayorazgos se componían de alcaldías, gobernadas por doce regidores las grandes, y seis las de menor categoría. En ambos casos se delegaban los acuerdos en un síndico, quien realizaba las labores ejecutivas del ayuntamiento.
Los mayores fueron sustituidos por gobernadores de provincia. Posteriormente, al fin de la época colonial, fueron reemplazados por intendentes. Muchos ayuntamientos fueron suplidos por delegados, quienes dependían a su vez del poder central absoluto.
La administración de justicia se ejercía a través de audiencias. Ademas se instituyeron los siguientes tribunales especializados:
* hacienda real
* mercantiles
* eclesiasticos
• militares
•
* de minas
* mostrencos
* de vacantes e instestados
* de indios
* de la Santa hermandad (para combatir a los salteadores en caminos)
* de la Acordada (ambulante, enjuiciaba sumariamente a los malhechores)
* de la Santa Cruzada
* de la Inquisición (perseguía a los heréticos)
* de correos