La Constitución ha creado otros órganos denominados autónomos al no depender jerarquicamente de ninguna de las ramas o de los organismos de control como el Banco de la República, los entes universitarios, las corporaciones autónomas regionales y la Comisión nacional de Televisión.

Banco de la República: Este cumple un papel muy importante, ya que al despolitizarse se convierte en un organismo eminentemente técnico al cual se le pueda entregar sin cortapisas el manejo de la política monetaria. El banco esta encargado de la emisión de moneda legal, es prestamista de última instancia, banquero de bancos, maxima autoridad en materia cambiaria y crediticia, administra las reservas en moneda extranjera.

La Ley 31 de banca central prevé condiciones precisas: prohíbe de manera categórica al Emisor otorgar créditos y garantías aparticulares o entidades privadas. Se exceptúan los créditos de apoyo transitorio de liquidez a los establecimientos de crédito en cumplimiento del papel de prestamista de última instacia.

En cuanto al crédito del Banco de la República al Gobierno, si bien el nuevo régimen no lo prohíbe, sí establece condiciones muy rigurosas para su concesión. En efecto, se establece que este tipo de crédito debe limitarse a casos de extrema necesidad, y se requiere la aprobación unanime de todos los miembros de la Junta Directiva. No obstante, es importante señalar que la Constitución dejó abierta la posibilidad de que el Banco pueda continuar adquiriendo en el mercado secundario títulos de deuda emitidos por el Gobierno. De esta forma no es el Banco el que financia directamente al Gobierno, sino los particulares que han comprado estos títulos.